Η αρχή της απολύμανσης του υποχλωριώδους νατρίου περιλαμβάνει κυρίως τρεις πτυχές:
Το υποχλωριώδες οξύ σχηματίζεται μέσω της υδρόλυσης και το υποχλωριώδες οξύ αποσυντίθεται περαιτέρω για να σχηματίσει νέο οικολογικό οξυγόνο. Η ισχυρή οξειδωτική ιδιότητα του νέου οικολογικού οξυγόνου μετουσιώνει ουσίες όπως πρωτεΐνες σε βακτήρια και ιούς, σκοτώνοντας έτσι παθογόνους μικροοργανισμούς.
Το υποχλωριώδες οξύ μπορεί να διεισδύσει σε βακτήρια (ιούς) και να αντιδράσει με οργανικά πολυμερή όπως βακτηριακές (ιικές) πρωτεΐνες, νουκλεϊκά οξέα και ένζυμα, σκοτώνοντας έτσι παθογόνους μικροοργανισμούς.
Τα ιόντα χλωρίου που παράγονται από το υποχλωριώδες οξύ μπορούν να αλλάξουν σημαντικά την ωσμωτική πίεση των βακτηρίων και των ιών, με αποτέλεσμα τα κύτταρα τους να χάσουν τη δραστηριότητα και να πεθάνουν.