Εκτός από επιβλαβείς ουσίες, υπάρχουν αμέτρητα βακτήρια και ιοί στα λύματα. Ως εκ τούτου, η απολύμανση με χλώριο χρησιμοποιείται ευρέως για να σκοτώσει βακτήρια και ιούς στο νερό κατά τη διάρκεια του σταδίου εκροής των εγκαταστάσεων επεξεργασίας νερού και λυμάτων.
Στην επεξεργασία του βιομηχανικού κυκλοφορούντος νερού ψύξης, το χλώριο χρησιμοποιείται επίσης για την αποστείρωση και την απομάκρυνση των φυκιών. Κατά τη διαδικασία της κυκλοφορίας του νερού ψύξης, λόγω της εξάτμισης μέρους του νερού, τα θρεπτικά συστατικά στο νερό συγκεντρώνονται και τα βακτήρια και άλλοι μικροοργανισμοί θα πολλαπλασιαστούν σε μεγάλες ποσότητες και θα σχηματίσουν εύκολα λάσπη. Η υπερβολική ποσότητα λάσπης θα οδηγήσει σε απόφραξη και διάβρωση του σωλήνα.
Η χλωρίωση συνήθως περιλαμβάνει την έγχυση χλωρίου στο νερό για να σκοτωθούν βακτήρια και άλλοι μικροοργανισμοί, συνήθως σε εμφιαλωμένο χλώριο.
Προκειμένου να διατηρηθεί η βακτηριοκτόνος δράση, το υπολειμματικό χλώριο θα πρέπει πάντα να διατηρείται στα {{0}}.5 ~ 1 mg/L στο νερό που εκκενώνεται και στο τέλος του δικτύου ύδρευσης στο 0 0,05 ~ 0,1 mg/L.